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    广西11选5专家精准选码: 定量样本中源自细胞凋亡的DNA浓度的方法及其应用.pdf

    摘要
    申请专利号:

    广西11选5大小走势图 www.fnjpv.tw CN201510308841.3

    申请日:

    2015.06.05

    公开号:

    CN104894268A

    公开日:

    2015.09.09

    当前法律状态:

    授权

    有效性:

    有权

    法律详情: 授权|||实质审查的生效IPC(主分类):C12Q 1/68申请日:20150605|||公开
    IPC分类号: C12Q1/68; G06F19/22(2011.01)I; G06F19/24(2011.01)I 主分类号: C12Q1/68
    申请人: 上海美吉生物医药科技有限公司
    发明人: 曾丰波; 杨功达; 韩继臣
    地址: 201314上海市浦东新区康新公路3399弄3号
    优先权:
    专利代理机构: 上海晨皓知识产权代理事务所(普通合伙)31260 代理人: 成丽杰
    PDF完整版下载: PDF下载
    法律状态
    申请(专利)号:

    CN201510308841.3

    授权公告号:

    ||||||

    法律状态公告日:

    2018.02.09|||2015.10.07|||2015.09.09

    法律状态类型:

    授权|||实质审查的生效|||公开

    摘要

    本发明属于分子生物学技术领域,公开了一种定量样本中源自细胞凋亡的DNA浓度的方法,该方法对正常人的血浆游离DNA和机械打断的组织DNA测序后,统计在血浆游离DNA测序序列和组织DNA测序序列中含量存在显著差异的差异序列集合,并通过计算得出来自于细胞凋亡样本的差异序列对应片段百分比总量的估计值、来自于非细胞凋亡样本的差异序列对应片段百分比总量的估计值,最后结合待检样本的差异序列对应片段百分比总量的实际值,计算得到待检样本中源自细胞凋亡的DNA的浓度。此外,本发明计算得到的待检样本中源自细胞凋亡的DNA的浓度值,还可用于对游离DNA样本的质控以及对组织坏死的检测。

    权利要求书

    权利要求书
    1.  一种定量样本中源自细胞凋亡的DNA浓度的方法,其特征在于,包含下述步骤:
    (1)取健康人的血浆游离DNA样本和机械打断的组织DNA样本,分别测序,将测序获得的序列比对到人类参考基因组上,统计差异序列集合,所述差异序列集合中包含若干差异序列;
    所述差异序列为:比对到人类参考基因组上的测序序列5’端k个碱基的序列;且游离DNA样本的测序序列中5’端为该种差异序列的序列含量比例,与组织DNA样本的测序序列中5’端为同种差异序列的序列含量比例存在显著差异;其中,k为自然数;
    (2)计算游离DNA样本组比对到人类参考基因组上的测序序列中,所有5’端为差异序列的序列百分比总和,作为来自于细胞凋亡样本的差异序列对应片段百分比总量的估计值;
    计算组织DNA样本组比对到人类参考基因组上的测序序列中,所有5’端为差异序列的序列百分比总和,作为来自于非细胞凋亡样本的差异序列对应片段百分比总量的估计值;
    (3)对待检样本进行测序,将测序获得的序列比对到人类参考基因组上,计算所有5’端为差异序列的序列百分比总和,作为待检样本的差异序列对应片段百分比总量的实际值;
    (4)根据上述来自于细胞凋亡样本的差异序列对应片段百分比总量的估计值、来自于非细胞凋亡样本的差异序列对应片段百分比总量的估计值以及待检样本的差异序列对应片段百分比总量的实际值,计算得到待检样本中源自细胞凋亡的DNA的浓度。

    2.  根据权利要求1所述的定量样本中源自细胞凋亡的DNA浓度的方法, 其特征在于,步骤(4)中所述的根据来自于细胞凋亡样本的差异序列对应片段百分比总量的估计值、来自于非细胞凋亡样本的差异序列对应片段百分比总量的估计值以及待检样本的差异序列对应片段百分比总量的实际值,计算得到待检样本中源自细胞凋亡的DNA的浓度的计算式为:
    p×PScf+(1-p)×PSg=PSt]]>
    其中:
    p为要计算的待检样本中源自细胞凋亡的DNA的浓度;
    为来自于细胞凋亡样本的差异序列对应片段百分比总量的估计值;
    为来自于非细胞凋亡样本的差异序列对应片段百分比总量的估计值;
    为待检样本的差异序列对应片段百分比总量的实际值。

    3.  根据权利要求1所述的定量样本中源自细胞凋亡的DNA浓度的方法,其特征在于,获取步骤(1)中所述的血浆游离DNA样本和机械打断的组织DNA样本的方法为:抽取健康人的血液,进行第一次离心,得到上清液和沉淀,取沉淀,再进行机械打断,即为机械打断的白细胞样本,作为机械打断的组织DNA样本;对第一次离心得到的上清液进行第二次离心,去掉沉淀,取上清液,即为血浆游离DNA样本。

    4.  根据权利要求1所述的定量样本中源自细胞凋亡的DNA浓度的方法,其特征在于,步骤(1)中所述的统计差异序列集合的方法为:
    记比对到人类参考基因组上的测序序列5’端k个碱基的序列为Kmer,k为自然数;记差异序列集合为S;记游离DNA样本组为Gcf组,记组织DNA样本组为Gg组:
    (1)根据Kmer的不同分别对Gcf组和Gg组的测序序列进行分组,统计每组序列的比例:
    PKmerj=NKmerjΣNKmerj]]>
    其中:
    表示样本j的测序序列中,5’端以Kmer开始的序列在所有测序序列中的比例、
    表示样本j的测序序列中,5’端以Kmer开始的序列的条数、
    表示样本j的所有测序序列的条数;
    (2)统计在Gcf和Gg组中具有显著差异的Kmer:
    分别计算和
    PKmercf=ΣcfPKmerjΣcfj]]>
    PKmerg=ΣgPKmerjΣgj]]>
    其中:
    依次表示在Gcf组和Gg组中5’端为特定Kmer的序列在每个样本的测序序列中的含量比例的平均值、
    依次表示在Gcf组和Gg组中5’端为特定Kmer的序列在每个样本的测序序列中的含量比例的总和、
    Σcfj、Σgj依次表示Gcf组和Gg组中样本的个数;
    比较上述和选取的所有Kmer作为集合S,其中,N>1。

    5.  根据权利要求4所述的定量样本中源自细胞凋亡的DNA浓度的方法,其特征在于,K为1~10之间的自然数;1<N≤10。

    6.  根据权利要求4所述的定量样本中源自细胞凋亡的DNA浓度的方法,其特征在于,步骤(2)中所述的计算游离DNA样本组比对到人类参考基因组上的测序序列中,所有5’端为差异序列的序列百分比总和,作为来自于细胞凋亡样本的差异序列对应片段百分比总量的估计值的公式为:
    PScf=ΣKmer∈SPKmercf]]>
    其中:
    为要计算的来自于细胞凋亡样本的差异序列对应片段百分比总量的估计值;
    表示血浆游离DNA样本组比对到人类参考基因组上的测序序列中,所有5’端为差异序列的序列百分比总和。

    7.  根据权利要求4所述的用于定量样本中源自细胞凋亡的DNA浓度的方法,其特征在于,步骤(2)中所述计算组织DNA样本组比对到人类参考基因组上的测序序列中,所有5’端为差异序列的序列百分比总和,作为来自于非细胞凋亡样本的差异序列对应片段百分比总量的估计值的公式为:
    PSg=ΣKmer∈SPKmerg]]>
    其中:
    为要计算的来自于非细胞凋亡样本的差异序列对应片段百分比总量的估计值;
    表示组织DNA样本组比对到人类参考基因组上的测序序列中,所有5’端为差异序列的序列百分比总和。

    8.  根据权利要求4所述的用于定量样本中源自细胞凋亡的DNA浓度的方法,其特征在于,步骤(3)中计算待检样本比对到人类参考基因组上的测序序列中,所有5’端为差异序列的序列百分比总和,作为待检样本的差异 序列对应片段百分比总量的实际值的公式为:
    Pst=ΣKmer∈SPKmert]]>
    其中:
    为要计算的待检样本的差异序列对应片段百分比总量的实际值;
    差异序列集合记为S;表示待检样本组比对到人类参考基因组上的测序序列中,所有5’端为差异序列的序列百分比总和。

    9.  权利要求1至8中的任一项所述的方法的应用,其特征在于,根据计算得到的待检样本中源自细胞凋亡的DNA的浓度值,对游离DNA样本进行质控。

    10.  权利要求1至8中的任一项所述的方法的应用,其特征在于,根据计算得到的待检样本中源自细胞凋亡的DNA的浓度值,检测组织坏死。

    关 键 词:
    定量 样本 源自 细胞 DNA 浓度 方法 及其 应用
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