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    彩经网广西11选5: 大肠癌标志物及其应用.pdf

    摘要
    申请专利号:

    广西11选5大小走势图 www.fnjpv.tw CN201510640546.8

    申请日:

    2015.09.30

    公开号:

    CN105132518A

    公开日:

    2015.12.09

    当前法律状态:

    授权

    有效性:

    有权

    法律详情: 授权|||实质审查的生效IPC(主分类):C12Q 1/04申请日:20150930|||公开
    IPC分类号: C12Q1/04; C12Q1/68; C12Q1/02; G06F19/22(2011.01)I; C12R1/145(2006.01)N; C12R1/01(2006.01)N 主分类号: C12Q1/04
    申请人: 上海锐翌生物科技有限公司
    发明人: 仲文迪; 刘婉辉; 郑智俊
    地址: 200050上海市长宁区宣化路300号华宁国际广场南塔27楼
    优先权:
    专利代理机构: 北京清亦华知识产权代理事务所(普通合伙)11201 代理人: 李志东
    PDF完整版下载: PDF下载
    法律状态
    申请(专利)号:

    CN201510640546.8

    授权公告号:

    ||||||

    法律状态公告日:

    2018.08.10|||2016.01.06|||2015.12.09

    法律状态类型:

    授权|||实质审查的生效|||公开

    摘要

    本发明公开了一种大肠癌标志物,包括以下微生物:罕见小球菌属Subdoligranulum_4_3_54A2FAA和多形杆状菌Bacteroides。本发明还公开一种利用大肠癌标志物确定个体状态的方法及装置。相较于健康个体群体,所称的大肠癌标志物在大肠癌患者群体中显著富集,能够作为健康群体和大肠癌患者群体的区分标志。

    权利要求书

    权利要求书
    1.  一种大肠癌标志物,其特征在于,所述标志物包括以下微生物:
    罕见小球菌属Subdoligranulum_4_3_54A2FAA和多形杆状菌Bacteroides;
    任选的,所述标志物还包括霍氏肠杆菌Eubacterium_hallii_DSM_3353;
    任选的,所述标志物还包括梭菌Clostridium_SS2_1;
    任选的,所述标志物还包括瘤胃球菌属Ruminococcus_5_1_39BFAA;
    任选的,所述标志物还包括梭菌Clostridium_SS2_1。

    2.  权利要求1的大肠癌标志物在制备治疗大肠癌的药物和/或在制备功能性食品中的用途。

    3.  一种利用权利要求1的大肠癌标志物确定个体的状态的方法,其特征在于,包括:
    (1)确定所述个体的粪便样本中的所述大肠癌标志物中的各种微生物的丰度;
    (2)分别将(1)中确定的大肠癌标志物中的各种微生物的丰度与其在对照组中的丰度进行比较,依据获得的比较结果确定所述个体的状态,
    所述对照组包括一组健康个体的粪便样本和一组大肠癌患者的粪便样本组成,
    所述状态包括患有大肠癌状态和不患有大肠癌状态。

    4.  权利要求3的方法,其特征在于,(1)包括:
    获得所述个体的粪便样本中的核酸序列的测序数据,所述测序数据包括多个读段;
    组装所述读段,获得基因集,所述基因集包括多个组装片段,所述基因集中的组装片段为非冗余序列;
    确定所述大肠癌标志物中的各种微生物包含的组装片段;
    依据所述测序数据,分别确定所述基因集中的各个组装片段的丰度,其中包括,分别确定所述大肠癌标志物中的各种微生物包含的组装片段的丰度;
    分别依据所述确定的组装片段的丰度,确定所述大肠癌标志物中的各种微生物的丰度。

    5.  权利要求4的方法,其特征在于,所述确定大肠癌标志物中的各种微生物包含的组装片段,包括:
    将所述基因集中的组装片段分别与所述各种微生物的参考序列进行比对,确定与一种微生物的参考序列的相似性大于或者等于90%的组装片段来自该种微生物。

    6.  权利要求4的方法,其特征在于,所述依据测序数据,分别确定所述基因集中的各个组装片段的丰度,包括:
    分别将所述测序数据中的读段比对到所述各个组装片段上,
    基于获得的比对结果,利用以下公式确定组装片段的丰度:
    组装片段G的丰度Ab(G)=Ab(UG)+Ab(MG),其中,
    Ab(UG)=UG/lG,UG为唯一比对上组装片段G的读段数目,lG为组装片段G的长度,
    Ab(MG)=(Σi=1MGCoi)/lG,]]>
    MG为非唯一比对上该组装片段G的读段的数目,
    i表示非唯一比对上该组装片段G的读段的编号,
    Coi为非唯一比对上组装片段G的读段Mi的丰度系数,
    N为非唯一比对上该组装片段G的读段比对上的组装片段的总数目,
    j为非唯一比对上该组装片段G的读段比对上的组装片段的编号,
    Uj为唯一比对上组装片段j的读段数目。

    7.  权利要求4的方法,其特征在于,微生物的丰度为该种微生物包含的所有组装片段的丰度的中位数或者平均数。

    8.  权利要求3的方法,其特征在于,(2)包括:
    当(1)中确定的大肠癌标志物中的各种微生物的丰度都落入预定区间时,确定所述个体的状态为患有大肠癌,
    所述预定区间是通过比较相同微生物在对照组中的健康个体的粪便样本中的丰度和在对照组中的大肠癌患者的粪便样本中的丰度的差异而确定的。

    9.  权利要求8的方法,其特征在于,所述大肠癌标志物中的罕见小球菌属Subdoligranulum_4_3_54A2FAA的预定区间为3.24E-07~1.82E-06,
    所述大肠癌标志物中的多形杆状菌Bacteroides的预定区间为2.06E-06~3.21E-06,
    当所述大肠癌标志物中的微生物包括霍氏肠杆菌Eubacterium_hallii_DSM_3353,所述霍氏肠杆菌Eubacterium_hallii_DSM_3353的预定区间为2.24E-07~6.18E-07,
    当所述大肠癌标志物中的微生物包括梭菌Clostridium_SS2_1,所述梭菌Clostridium_SS2_1的预定区间为5.28E-07~1.57E-06,
    当所述大肠癌标志物中的微生物包括瘤胃球菌属Ruminococcus_5_1_39BFAA,所述瘤胃球菌属Ruminococcus_5_1_39BFAA的预定区间为1.34E-06~3.46E-06,
    当所述大肠癌标志物中的微生物包括凸腹真杆菌 Eubacterium_ventriosum_ATCC_27560,所述凸腹真杆菌Eubacterium_ventriosum_ATCC_27560的预定区间为1.42E-07~4.50E-07。

    10.  一种利用权利要求1的大肠癌标志物确定个体的状态的装置,其特征在于,包括:
    数据输入单元,用于输入数据;
    数据输出单元,用于输出数据;
    处理器,用于执行可执行程序,执行所述可执行程序包括完成权利要求3-9任一方法;
    存储单元,与所述数据输入单元、所述数据输出单元和所述处理器相连,用于存储数据,其中包括所述可执行程序。

    11.  一种利用权利要求1的大肠癌标志物对多个个体进行分类的方法,其特征在于,包括:
    分别利用权利要求3-9任一方法确定各个个体的状态;
    依据获得的各个个体的状态对所述各个个体进行分类。

    12.  一种治疗大肠癌的药物,其特征在于,所述药物促使权利要求1的大肠癌标志物中的罕见小球菌属Subdoligranulum_4_3_54A2FAA和多形杆状菌Bacteroides的丰度降低,以及
    任选的,所述药物促使所述大肠癌标志物中的其它微生物的丰度增加。

    13.  一种生产或筛选权利要求12的药物的方法,其特征在于,包括筛选促使权利要求1的大肠癌标志物中的罕见小球菌属Subdoligranulum_4_3_54A2FAA和多形杆状菌Bacteroides的丰度降低的物质作为所述药物的步骤,以及
    任选的,所述方法包括筛选所述大肠癌标志物中的其它微生物的丰度增加的物质作为所述药物的步骤。

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    肠癌 标志 及其 应用
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